oncominefocus

用于生物标记物分析的实体肿瘤新一代测序测定试剂盒

Oncomine Focus 测定试剂盒是一种靶向、多生物标记物测定试剂盒，能够在单个工作流程中对 DNA 和 RNA 的热点、SNV、插入缺失、CNV 和基因融合进行靶向测定。 这种综合性的测定试剂盒设计通过工作流程自动化进一步增强，可快速提供见解并帮助您加快研究，从而在未来推进下一种伴随诊断或治疗。

Oncomine Focus 测定试剂盒利用获得专利的 Ion AmpliSeq 技术获得稳定的实验结果、低起始量并能分析低质样本，且可与 FFPE 细针穿刺和空心针穿刺活检兼容，专为临床和转化癌症研究设计。 

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内容

同步检测与实体肿瘤相关的52个基因中的数百种变异。

  • 在单个工作流程中对 DNA 和 RNA 的相关热点、SNV、插入缺失、CNV 和基因融合进行靶向测定。
  • 可检测 NTRK1、NTRK2 和 NTRK3 基因融合
  • 涵盖上市肿瘤药物的靶向实体肿瘤基因和已公布证据
  • 由 Oncomine 知识库提供内容支持，该知识库中所包含的内容与相关证据一致

NTRK

NTRK 融合检测

Oncomine Focus 测定试剂盒基因列表

热点基因
（35个基因）

AKT1
ALK
AR
BRAF
CDK4
CTNNB1
DDR2
EGFR
ERBB2
ERBB3
ERBB4
ESR1
FGFR2
FGFR3
GNA11
GNAQ
HRAS
IDH1

 

IDH2
JAK1
JAK2
JAK3
KIT
KRAS
MAP2K1
MAP2K2
MET
MTOR
NRAS
PDGFRA
PIK3CA
RAF1
RET
ROS1
SMO

 

拷贝数基因
（19个基因）

AKT1
ALK
AR
BRAF
CCND1
CDK4
CDK6
EGFR
ERBB2
FGFR1
FGFR2
FGFR3
FGFR4
KIT
KRAS
MET
MYC
MYCN
PDGFRA
 

PIK3CA
 

基因融合
（23个基因）

ABL1
AKT3
ALK
AXL
BRAF
EGFR
ERBB2
ERG
ETV1
ETV4
ETV5
FGFR1
FGFR2
FGFR3
MET
NTRK1
NTRK2
NTRK3

 

PDGFRA
PPARG
RAF1
RET
ROS1

 


从组织样本到报告的3天 NGS 工作流程

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制备

从包括细针抽吸物和针穿刺活检在内的 FFPE 样本中，提取、扩增 DNA 和 RNA，并将其模板化到准备测序的基于扩增子的文库中。

测序

Ion GeneStudio S5 系列实现了每次运行对 2M 至 130M 读段进行高通量测序。 

分析

我们的信息学解决方案与测序平台的无缝集成实现了快速直观的分析和报告。

样本提取

从包括细针抽吸物和针穿刺活检在内的 FFPE 样本中，提取、扩增 DNA 和 RNA，并将其模板化到准备测序的基于扩增子的文库中。

文库制备

Oncomine Focus 测定试剂盒是一种靶向、多生物标志物 NGS 测定试剂盒，可在单个工作流程中对52个独特基因的 DNA 和 RNA 所有类别的变异进行分析。

文库模板化

Ion Chef 系统可在无需手动操作的情况下将 Oncomine 文库模板化到 Ion 芯片中，用于下游测序。 

Step4

Ion GeneStudio S5 系列可实现每次运行200万到1.3亿个读段的通量。 只需选择 Ion 芯片，即可满足您应用所需的通量和覆盖度。

Torrent Suite

除了变异识别、SNP 和插入缺失，还可以在网络界面内规划、监测和跟踪运行状态，同时查看测序运行的质量和准确性。

Ion Reporter

识别和注释 SNV/InDel、CNV 和融合。使用网络支持解决方案，从半导体测序数据中更快、更轻松地解读 DNA 和 RNA 变异。

Oncomine Reporter

使用 Ion Torrent Oncomine Reporter，可获得清晰、简洁的报告，这些报告将生物标记物与相关证据联系起来。

Step 1 : 概述
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制备

从包括细针抽吸物和针穿刺活检在内的 FFPE 样本中，提取、扩增 DNA 和 RNA，并将其模板化到准备测序的基于扩增子的文库中。

测序

Ion GeneStudio S5 系列实现了每次运行对 2M 至 130M 读段进行高通量测序。 

分析

我们的信息学解决方案与测序平台的无缝集成实现了快速直观的分析和报告。

Step 2 : 样本制备

样本提取

从包括细针抽吸物和针穿刺活检在内的 FFPE 样本中，提取、扩增 DNA 和 RNA，并将其模板化到准备测序的基于扩增子的文库中。

文库制备

Oncomine Focus 测定试剂盒是一种靶向、多生物标志物 NGS 测定试剂盒，可在单个工作流程中对52个独特基因的 DNA 和 RNA 所有类别的变异进行分析。

文库模板化

Ion Chef 系统可在无需手动操作的情况下将 Oncomine 文库模板化到 Ion 芯片中，用于下游测序。 

Step 3 : 测序
Step4

Ion GeneStudio S5 系列可实现每次运行200万到1.3亿个读段的通量。 只需选择 Ion 芯片，即可满足您应用所需的通量和覆盖度。

Step 4 : 分析

Torrent Suite

除了变异识别、SNP 和插入缺失，还可以在网络界面内规划、监测和跟踪运行状态，同时查看测序运行的质量和准确性。

Ion Reporter

识别和注释 SNV/InDel、CNV 和融合。使用网络支持解决方案，从半导体测序数据中更快、更轻松地解读 DNA 和 RNA 变异。

Oncomine Reporter

使用 Ion Torrent Oncomine Reporter，可获得清晰、简洁的报告，这些报告将生物标记物与相关证据联系起来。

Oncomine 测定试剂盒与 Ion AmpliSeq 检测组合内容的比较

靶向新一代测序 (NGS) 正在助力各种规模的实验室能够自信地开拓癌症研究。这些突破的核心是测定试剂盒和检测组合，旨在通过少的样本起始量来实现高灵敏度的结果，从而帮助提供可能产生未来伴随诊断检测或治疗的信息。

临床癌症研究需要若干个决策。其中很重要的是您对测定试剂盒内容做出的决策。Oncomine Focus 测定试剂盒提供了一个稳定的测定试剂盒，所有基因均可为各种不同癌症类型提供可行的见解。


性能

  • 可重现、灵敏地检测多种癌症类型的变异
  • 可与样本量少至 10 ng 的样本兼容，包括 FFPE 细针穿刺活检和空心针穿刺样本
  • 在单个工作流程中每次运行六份 DNA 和 RNA 样本和两份对照品即可得出结果
  • NGS 采用 Ion Torrent 测序技术，可选 Ion Chef 文库制备和 Ion GeneStudio S5 系统，耗时几天而不是数周

 

分析性能摘要

使用在 Ion GeneStudio S5 系统上测序的临床研究样本，Oncomine Focus 测定试剂盒在各种变异类型中均实现了高灵敏度、特异性和可重现性。 

 灵敏度PPV（特异性）可再现性
SNV98.77%99.63%99.6%
插入缺失100%100%100%
CNV96.42%100%96.42%
基因融合100%100%100%
总体98.70%99.67%99.01%
表1.在 Ion GeneStudio S5 系统上使用 Oncomine Focus 检测试剂盒分析各种变异类型时的灵敏度、特异性和可重现性。


报告

采用 Oncomine 信息学所具有的功能：

  • 对变异进行优先次序排序，找到相关的新变异
  • 识别变异，确定并注释致癌变异
  • 快速生成自定义的实验室报告
  • 提供11种语言的自定义报告模板



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仅供科研使用，不可用于诊断目的。