蛋白类药物的肽图

在蛋白质药物产品的质控要求中，需要对蛋白氨基酸序列进行确证，对相关修饰进行鉴定以及定量——即肽图分析。肽图的液质实验流程主要包括：蛋白的变性、二硫键的还原与烷基化、以及蛋白酶酶解（通常使用胰蛋白酶 Trypsin）、液质联用数据采集、数据处理几个步骤（ 图1 ） 。在这个流程中，Orbitrap 型质谱以其超高分辨、高质量精度、高灵敏、高稳定性成为业内推崇的质谱分析平台。除此之外，考虑到生物制药应用的特殊需求， 根据蛋白药物质谱分析特点，Thermo Fisher与世界级制药领军企业Amgen联合开发了Biopharma Finder软件。实际上，Biopharma Finder来源于Amgen内部的自制的肽图分析软件，因此其功能设计从一开始就听从了一线分析人员的切实需求， 而Thermo Fisher的加入，则使软件底层对质谱数据处理的性能大大提高。因此，Biopharma Finder一经公开发布，就受到了业内的极大关注与好评。

除最基本的肽段序列确认、覆盖率分析、修饰位点鉴定与定量、错配二硫键发现、图谱对比、CID/HCD/ETD碎片解析等功能外，Biopharma Finder还独具未知修饰发现、氨基酸突变查找功能。这两项功能可以帮助大家快速发现序列变异，避免可能出现的巨大的质量风险。不仅如此，Biopharma Finder还有更多贴心的功能设计，如内置了CHO细胞系糖型，并可一键选择进入糖肽分析流程；再如，除具有肽段鉴定可信度评价功能外，还可智能显示多肽的理论质谱碎片，并用于与实验图谱直观对比，以辅助分析，并可快速提高分析员质谱解析水平。这些功能不但减少工作强度，也降低了对分析员理解质谱数据深度的要求。更具情怀的是，对于氨基酸固定修饰设置，不同于其它类似软件（固定修饰只可精确至某一类氨基酸），在Biopharma Finder中，可以精确到特定的某个氨基酸位点。此功能对于蛋白药的某些特殊分析需求提供了极大的便利。

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