Bacterial RNA sequencing and studies of the plant transcriptome reveal sample complexity using Collibri Stranded RNA Library Prep Kits

Illuminaシステム用のInvitrogen Collibri Stranded RNA Library Prepキットを使用して、植物トランスクリプトームの完全な複雑さを明らかにしたり、細菌RNAシーケンシングを実行できます。

  • 細菌RNAシーケンシング研究や植物トランスクリプトーム研究に適しています
  • <リボソームRNA(rRNA)除去後のライブラリ生成で4.5時間
  • 正しく混合されると各試薬中のトラッキング用色素の色が変わり、成功率が向上

細菌RNAシーケンシングまたは植物トランスクリプトーム研究のためのライブラリ調製は、2ステップのプロセスです。

ステップ1.リボソームRNAを除去します

Invitrogen RiboMinus Isolation Kitを使用すると、インタクトなトータルRNAからリボソームRNA(rRNA)を2時間以内に効率的かつ選択的に除去できます。RiboMinusキットで製造された劣化RNAは、ステップ2でCollibri Library Prepキットと互換性があります。

 library prep for bacterial RNA sequencing studies
RiboMinus Bacteria 2.0 Transcriptome Isolation Kit
sequence plant transcriptome studies
RiboMinus Plant Kit for RNA-Seq
適合種pan-prokaryote除去プローブは、76種以上に適合することが示されています。小麦、トウモロコシ、米、大麦、大豆、サトウキビ、ソルガム、ジャガイモ、カセバ、シロイヌナズナ、トマト、タバコ、ポプラ、マメ、およびコケ
サンプル品質の適合性5.0~10.0のRIN値8.0~10.0のRIN値
ハンズオン時間0.75時間1時間
総時間<2時間2時間
rRNAが除去されました16S
23s
5s
核(25秒および17秒)
クロロプラスト(23Sおよび16S)
ミトコンドリア(18S)
プローブの設計76種類のpan-prokaryote種を対象とした、rRNAの保存領域をターゲットとする150プローブプローブ混合物には6個のプローブが含まれます各プローブは、大規模なサイトゾルおよびクロロプラストrRNA転写物の保存領域の1つ以上に特異的です
インプット範囲100 ng~5 µgのトータルRNAトータルRNA 1~10 µg
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ステップ2.迅速なライブラリ生成

 collibri mrna seq library prep
Illuminaシステム用Collibri Stranded RNAライブラリ調製キット
ハンズオン時間1.5時間
総時間4.5時間
RNAソースリボソームRNA(rRNA)のRNA除去
インプット範囲1~25 ngのmRNA
適合種すべて
リボソーム除去モジュール別売り
分析の難易度生物学者にとって扱いやすい

Illuminaシステム用Collibri Stranded RNA Library Prepキットは、4.5時間でNGSライブラリを生成し、サンプルの複雑さを維持します。キットは、ヘルパーアダプターとしても知られる部分的アダプターがcDNAを作成する前に一本鎖RNAに直接ライゲーションされる独自のプロトコルを使用します。全長インデックス付きアダプターがPCR中に作成されます。Collibri Stranded RNA Library  Prepキットは、リボソーム除去後のすべてのRNAサンプルに適合します。

図1.Illumina対応アダプターは、RNAフラグメントに直接追加されます。mRNAの濃縮後、転写産物は断片化され、Illuminaアダプターの一部が直接RNAに添加されます。プロセスの早期ステップでアダプターを追加することで、従来のライブラリ調製キットで見られるバイアスと遺伝子発現の損失を排除できます。

ワークフローの各ステップにおけるビジュアルフィードバック

最高の成功率が得られるように、正しい混合を行った場合にのみ各ステップで追跡用染料の色が変わります。色の変化が生じない場合には、いったん中断し、完全に混合してから続ける必要があります。ビジュアルフィードバックはロボットシステムの性能をモニタリングするために有用です。

動画:Illuminaシステム用Collibri NGSライブラリ調製キット

RNA-seqライブラリ調製のヒント

Collibri Stranded RNAライブラリ調製キットを開発した科学者たちが、全トランスクリプトームを保持するcDNAライブラリ作成のヒントを共有します。

推奨コントロール

ライブラリ調製の前に、ERCC RNA Spike-In MixをインプットRNAに添加することを推奨します。このミックス(キットには含まれていません)は、一連の外部RNAコントロールを提供し、ダイナミックレンジ、検出下限、および遺伝子発現実験における位相変化反応の性能評価を可能にします。詳細情報はERCC RNA Spike-In Control Mixユーザーガイドをご確認ください。

ポジティブRNAコントロールには、Universal Human Reference RNA(カタログ番号QS0639)またはHuman Brain Total RNA(カタログ番号AM7962)。

ヒント!

ERCC RNA Spike-In Control MixesをFFPE RNAなどの分解が進んだサンプルとともに使用しないでください。高品質ERCC RNAは低品質なRNA集団を大きく上回ってしまい、最終ライブラリでERCCが占める比率が大きくなりすぎることになります。

全トランスクリプトームライブラリ調製ワークフロー

コーディングおよびノンコーディングRNAの多様性を保持

当社は、プロセス効率およびダウンストリーム性能を最大限に高めるために、幅広い種類の出発材料からの高感度かつ拡張可能な精製に向けて、さまざまなInvitrogenゲノムRNA抽出キットを提供しています。この抽出キットには、組織、細胞、血液、血清、植物、法医学サンプルなど、さまざまなサンプルからRNAを精製するために使用する広範囲のキットが含まれます。
磁気ビーズベースのテクノロジーとKingFisher装置を使用した自動RNA抽出によりRNAを結合、洗浄および溶出し、高収量かつ優れた再現性を維持しながら操作時間を短縮させることができます。

細菌や植物のためのリボソーム除去

RiboMinus Isolation Kitを使用すると、インタクトなトータルRNAからリボソームRNA(rRNA)を2時間以内に効率的かつ選択的に除去でき、Collibri Library Prep Kitに適合します。

推奨されるアクセサリ

スループットのスケールに合わせた定量オプション

qPCRベースのCollibri Library Quantification kitは、より大きなサンプルバッチサイズで良好な測定を可能にし、貴重なサンプルや臨床検体にとって理想的な方法といえます。定量精度は他社製ライブラリ定量キットと同等で、定量中に試薬の色の変化を確認できるというさらなる利点があります。

Qubit dsDNA HS Assayは、dsDNA結合色素を使用することにより、NGSライブラリ濃度を正確に測定する蛍光定量アッセイで、サンプルあたりわずか数分のシンプルなワークフローを提供します。

選択するアッセイにかかわらず、良好な実験技術を用いて、ライブラリ濃度の正確な測定と高品質のIlluminaシーケンシングデータを確保する必要があります。

推奨されるアクセサリ

Applied Biosystems QuantStudioリアルタイムPCRシステムは、高性能、信頼性、および世界トップクラスのサポートにより、お客様に真の価値を提供いたします。当社の装置は、お客様が必要とする結果を提供し、研究者同士の連携を可能にすることで、お客様の研究目標の達成を可能とします。

コーディングおよびノンコーディングRNAの多様性を保持

当社は、プロセス効率およびダウンストリーム性能を最大限に高めるために、幅広い種類の出発材料からの高感度かつ拡張可能な精製に向けて、さまざまなInvitrogenゲノムRNA抽出キットを提供しています。この抽出キットには、組織、細胞、血液、血清、植物、法医学サンプルなど、さまざまなサンプルからRNAを精製するために使用する広範囲のキットが含まれます。
磁気ビーズベースのテクノロジーとKingFisher装置を使用した自動RNA抽出によりRNAを結合、洗浄および溶出し、高収量かつ優れた再現性を維持しながら操作時間を短縮させることができます。

細菌や植物のためのリボソーム除去

RiboMinus Isolation Kitを使用すると、インタクトなトータルRNAからリボソームRNA(rRNA)を2時間以内に効率的かつ選択的に除去でき、Collibri Library Prep Kitに適合します。

推奨されるアクセサリ

スループットのスケールに合わせた定量オプション

qPCRベースのCollibri Library Quantification kitは、より大きなサンプルバッチサイズで良好な測定を可能にし、貴重なサンプルや臨床検体にとって理想的な方法といえます。定量精度は他社製ライブラリ定量キットと同等で、定量中に試薬の色の変化を確認できるというさらなる利点があります。

Qubit dsDNA HS Assayは、dsDNA結合色素を使用することにより、NGSライブラリ濃度を正確に測定する蛍光定量アッセイで、サンプルあたりわずか数分のシンプルなワークフローを提供します。

選択するアッセイにかかわらず、良好な実験技術を用いて、ライブラリ濃度の正確な測定と高品質のIlluminaシーケンシングデータを確保する必要があります。

推奨されるアクセサリ

Applied Biosystems QuantStudioリアルタイムPCRシステムは、高性能、信頼性、および世界トップクラスのサポートにより、お客様に真の価値を提供いたします。当社の装置は、お客様が必要とする結果を提供し、研究者同士の連携を可能にすることで、お客様の研究目標の達成を可能とします。

 

ご注文情報

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.