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全トランスクリプトームシーケンシング用Collibri Stranded RNAライブラリ調製キット
トランスクリプトームの多様性を維持
ヒト／マウス／ラットrRNA除去付きIlluminaシステム用Collibri Stranded RNAライブラリ調製キットは、アダプターをRNAに直接付加する独自のプロトコルを使用します。cDNAプライミングはGC含有量の影響を受けず、ランダムオリゴヌクレオチド配列はcDNAに取り込まれないため、全トランスクリプトームが保持され、偽SNPやポイント変異を防止します。
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図 1. ライブラリの複雑性を向上させるための全トランスクリプトームのシーケンシング。 部分的アダプターはヘルパーアダプターとしても知られ、cDNA作成に先立って単鎖RNAに直接結合します。完全長インデックスアダプターはPCR中に作成されます。
図 1. ライブラリの複雑性を向上させるための全トランスクリプトームのシーケンシング。 部分的アダプターはヘルパーアダプターとしても知られ、cDNA作成に先立って単鎖RNAに直接結合します。完全長インデックスアダプターはPCR中に作成されます。
テクニカルノート：ライブラリ調製中にどのように鎖構造を維持するか
ゲノムのどの鎖が遺伝子転写物を暗号化し、ゲノムの逆鎖上で暗号化されている2つの異なるアレルを区別するかを検出します。
| Illumina用Collibri Stranded RNAライブラリ調製キット ヒト／マウス／ラットrRNA除去キット付き | |
|---|---|
| ハンズオン時間（時間） | 3.5 |
| 合計時間（時間） | 6.5 |
| RNAソース | トータルRNA |
| インプット範囲（ng） | 100～1,000 |
| 適合種 | ヒト、マウス、ラット |
| リボソーム除去モジュール | 付属 |
| 分析の難易度 | 生物学者にとって扱いやすい |
テクニカルノート：トータルRNA-SeqとmRNA-Seqの選択
トータルRNA-Seqはもっとも包括的な全トランスクリプトーム解析を提供します。mRNA-Seqは研究がコーディング領域のみに集中し、使用できる開始時の RNA 量が限られているときに最適です。
ワークフローの各ステップにおけるビジュアルフィードバック
最高の成功率が得られるように、正しい混合を行った場合にのみ各ステップで追跡用染料の色が変わります。色の変化が生じない場合には、いったん中断し、完全に混合してから続ける必要があります。ビジュアルフィードバックはロボットシステムの性能をモニタリングするために有用です。
動画：Illuminaシステム用Collibri NGSライブラリ調製キット
Collibri NGSライブラリ調製キットの各試薬には、サンプルが正しく混合されたかをリアルタイムで示すために、独自の追跡用染料が含まれています。
RNA-seqライブラリ調製のヒント
Collibri Stranded RNAライブラリ調製キットを開発した科学者たちが、全トランスクリプトームを保持するcDNAライブラリ作成のヒントを共有します。
推奨されるコントロール
ライブラリ調製の前にInvitrogen ERCC RNA Spike-In Control Mix（Collibriキットには含まれていない）をインプットRNAに添加することが推奨されます。これは外部RNAコントロールセットを提供し、遺伝子発現実験に使用されるさまざまな技術プラットフォームの性能評価（ダイナミックレンジ、検出下限、応答の倍増）を可能にします。詳細情報はERCC RNA Spike-In Control Mixユーザーガイドをご確認ください。
図2.ERCC Spike-In Mixの転写物モル比。Spike-In Mix 1およびSpike-In Mix 2の転写物は、四つのサブグループで示された定義済みMix 1：Mix 2モル濃度比で表示されています。各サブグループには、転写物サイズの分布とGC量がほぼ同じで約106倍の濃度範囲までの23の転写物が含まれます。
ポジティブRNAコントロールには、Universal Human Reference RNAまたはHuman Brain Total RNAを推奨します。
ヒント：ERCC RNA Spike-In MixesをFFPE RNAなどの分解が進んだサンプルとともに使用しないでください。高品質ERCC RNAはこれより低品質なRNA集団を打ち負かし、最終ライブラリでERCC RNAが占める比率が大きくなりすぎることになります。
全トランスクリプトームライブラリ調製ワークフロー
コーディングおよびノンコーディングRNAの多様性を保持
当社は、プロセス効率およびダウンストリーム性能を最大限に高めるために、幅広い種類の出発材料からの高感度かつ拡張可能な精製に向けて、さまざまなInvitrogenゲノムRNA抽出キットを提供しています。この抽出キットには、組織、細胞、血液、血清、植物、法医学サンプルなど、さまざまなサンプルからRNAを精製するために使用する広範囲のキットが含まれます。
磁気ビーズベースのテクノロジーとKingFisher装置を使用した自動RNA抽出によりRNAを結合、洗浄および溶出し、高収量かつ優れた再現性を維持しながら操作時間を短縮させることができます。
感度および特異性の高い核酸定量
Qubit蛍光定量プラットフォームにより高い感度と特異性で正確かつ迅速にRNAを定量RNAライブラリ調製物を定量するために、広範囲または高感度のRNA定量試薬から選択
推奨されるアクセサリ
- スループットニーズが変わる場合は、96-well 0.2 mLブロックを別のブロックタイプと交換
- モバイルアプリでリモートに（そして便利に）システムにアクセス
- 使いやすいタッチスクリーンインターフェースで機器を数秒でプログラム
- VeriFlexブロックが正確なPCR最適化を実現または最大6つの個別アッセイを実行
- 使いやすいグラフィカルインターフェース（6.5インチのVGAタッチスクリーン）
- 高速のランプ速度を使用するとPCRサイクリング時間が減少
スループットのスケールに合わせた定量オプション
qPCR ベースのCollibri Library Quantification kitは、より大きなサンプルバッチサイズで良好な測定を可能にし、貴重なサンプルや臨床検体にとって理想的な方法といえます。定量精度はKAPAライブラリ定量キットと同等で、定量中に試薬の色の変化を確認できるというさらなる利点があります。
Qubit dsDNA HS Assayは、dsDNA結合色素を使用することにより、NGSライブラリ濃度を正確に測定する蛍光定量アッセイで、サンプルあたりわずか数分のシンプルなワークフローを提供します。
選択するアッセイにかかわらず、良好な実験技術を用いて、ライブラリ濃度の正確な測定と高品質のIlluminaシーケンシングデータを確保する必要があります。
推奨されるアクセサリ
Applied Biosystems QuantStudioリアルタイムPCRシステムは、卓越した性能、信頼性、および世界トップクラスのサポートにより、お客様に真の価値を提供いたします。当社の装置は、お客様が必要とする結果を提供し、研究者同士の連携を可能にすることで、お客様の研究目標の達成を可能とします。
コーディングおよびノンコーディングRNAの多様性を保持
当社は、プロセス効率およびダウンストリーム性能を最大限に高めるために、幅広い種類の出発材料からの高感度かつ拡張可能な精製に向けて、さまざまなInvitrogenゲノムRNA抽出キットを提供しています。この抽出キットには、組織、細胞、血液、血清、植物、法医学サンプルなど、さまざまなサンプルからRNAを精製するために使用する広範囲のキットが含まれます。
磁気ビーズベースのテクノロジーとKingFisher装置を使用した自動RNA抽出によりRNAを結合、洗浄および溶出し、高収量かつ優れた再現性を維持しながら操作時間を短縮させることができます。
感度および特異性の高い核酸定量
Qubit蛍光定量プラットフォームにより高い感度と特異性で正確かつ迅速にRNAを定量RNAライブラリ調製物を定量するために、広範囲または高感度のRNA定量試薬から選択
推奨されるアクセサリ
- スループットニーズが変わる場合は、96-well 0.2 mLブロックを別のブロックタイプと交換
- モバイルアプリでリモートに（そして便利に）システムにアクセス
- 使いやすいタッチスクリーンインターフェースで機器を数秒でプログラム
- VeriFlexブロックが正確なPCR最適化を実現または最大6つの個別アッセイを実行
- 使いやすいグラフィカルインターフェース（6.5インチのVGAタッチスクリーン）
- 高速のランプ速度を使用するとPCRサイクリング時間が減少
スループットのスケールに合わせた定量オプション
qPCR ベースのCollibri Library Quantification kitは、より大きなサンプルバッチサイズで良好な測定を可能にし、貴重なサンプルや臨床検体にとって理想的な方法といえます。定量精度はKAPAライブラリ定量キットと同等で、定量中に試薬の色の変化を確認できるというさらなる利点があります。
Qubit dsDNA HS Assayは、dsDNA結合色素を使用することにより、NGSライブラリ濃度を正確に測定する蛍光定量アッセイで、サンプルあたりわずか数分のシンプルなワークフローを提供します。
選択するアッセイにかかわらず、良好な実験技術を用いて、ライブラリ濃度の正確な測定と高品質のIlluminaシーケンシングデータを確保する必要があります。
推奨されるアクセサリ
Applied Biosystems QuantStudioリアルタイムPCRシステムは、卓越した性能、信頼性、および世界トップクラスのサポートにより、お客様に真の価値を提供いたします。当社の装置は、お客様が必要とする結果を提供し、研究者同士の連携を可能にすることで、お客様の研究目標の達成を可能とします。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.