NGS マスター：cfDNA および ctDNA の全ゲノムシーケンシング

Collibri PS DNA ライブラリ調製キットによって CNV の検出を向上

全ゲノムシーケンシングは、cfDNA における疾患特異的なゲノム異常の研究に適しています。 Invitrogen Collibri PS DNA Library Prep Kit for Illumina Systems を使用することで、ヒト血漿サンプルから一貫性、再現性のある cfDNA ライブラリ調製を行うことができます。

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最適化されたプロトコルで短い cfDNA フラグメントを捕捉

数多くのがん種の研究において、血中循環腫瘍 DNA（ctDNA）を研究するためのサンプルとして、血中循環セルフリー DNA（cfDNA）の重要性が高まっています。全ゲノム次世代シーケンシング（NGS）を使用し、チェコ共和国のマサリク大学中欧技術研究所の研究者たちは、ドイツのハイデルベルグにある EMBL Genomics Core Facility と共同で、少量のサンプルから短い DNA フラグメントを捕捉する効率的な cfDNA ライブラリ調製プロトコルを開発しました。Collibri PS DNA Library Prep Kit for Illumina Systems を用いて、シーケンシングのカバレッジが低くてもコピー数多型（CNV）を検出することができます。

ビデオ：白血病の研究において cfDNA および ctDNA を用いた成功例

cfDNA または ctDNA からのシーケンシング用ライブラリ調製には、いくつもの技術的課題があります。がん患者の cfDNA レベルは健常者よりも上昇しますが、それでもその総量は血漿 1 ミリリットルあたり数ナノグラムの範囲です [1]。これに加えて、インプットサンプルの品質が低いという問題があります。cfDNA はもともと分解が進んでおり、平均 170 bp の短いフラグメントになっています。低量のインプットサンプルおよび断片化の性質といった課題がある中で、医療研究においてリキッドバイオプシーの性能を確保するには、効率的で再現性のあるライブラリ調製が不可欠です。

NGS によるダウンストリーム解析に使用するため、より短い、断片化された DNA を回収することが重要となります。cfDNA または ctDNA サンプルにおいて、Collibri PS DNA Library Prep Kit for Illumina Systems を用いた効率的なライブラリ調製を行うカスタマイズプロトコルをご使用いただけます。この全ゲノムシーケンシング（WGS）用カスタマイズプロトコルによって、Dr. Plevova と EMBL の研究者チームは疾患特異的なゲノム異常の研究を行うことができました。

Technical Note: Understanding library quantification assays for next-generation sequencing applications

アプリケーションノート：血中循環 cfDNA のライブラリ調製

標準のイルミナシステム用 Collibri PS DNA ライブラリ調製キットに変更を加え、分解されたサンプルからでも短いフラグメント（~170 bp）を確保します。こちらのテクニカルノートでは、標準プロトコルを cfDNA または ctDNA で使用するために適合させる方法を詳しく説明しています。

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ゲノム DNA 抽出

当社では、プロセス効率およびダウンストリーム性能を最大限に高めるために、幅広い種類の出発材料からの高感度かつ拡張可能な精製に向けて、さまざまな Invitrogen ゲノム DNA 抽出キットを提供しています。組織、細胞、血液、血清、植物、法医学サンプルなど、さまざまなサンプルからゲノム DNA を精製するための幅広い種類のキットが含まれます。

磁気ビーズをベースとする技術と KingFisher 装置を使用した自動 DNA 抽出により DNA を結合、洗浄および溶出させ、高収量かつ優れた再現性を維持しながら操作時間を短縮させることができます。

cfDNA 抽出

自動化 DNA 抽出

感度および特異性の高い核酸定量

Qubit dsDNA 高感度（HS）および広範囲（BR）アッセイは、RNA および一本鎖 DNA（ssDNA）よりも二本鎖 DNA（dsDNA）に高い選択性を示します。この高感度アッセイは、dsDNA を低濃度で含むサンプルに推奨され、貴重なサンプルへの使用に理想的です。

Qubit 4 Fluorometer

DNA 定量アッセイ

推奨付属製品

ProFlex 96 ウェル PCR システム

スループットのニーズが変わる場合は、96 ウェル 0.2 mL ブロックを別のブロックタイプと交換
モバイルアプリでリモートに（そして便利に）システムにアクセス
使いやすいタッチスクリーンインターフェースで機器を数秒でプログラム

Veriti 96 ウェル Fast Thermal Cycler

VeriFlex ブロックが正確な PCR 最適化を実現または最大 6 つの個別アッセイを実行
使いやすいグラフィカルインターフェース（6.5 インチの VGA タッチスクリーン）
高速ランプ速度の使用で PCR サイクリング時間を短縮

スループットのスケールに合わせた定量オプション

qPCR ベースの Collibri Library Quantification kit は、より大きなサンプルバッチサイズで良好な測定を可能にし、貴重なサンプルや臨床検体にとって理想的な方法といえます。定量精度は KAPA ライブラリ定量キットと同等で、定量中に試薬の色の変化を確認できるというさらなる利点があります。

Qubit dsDNA HS Assay は、dsDNA 結合色素を使用することにより、NGS ライブラリ濃度を正確に測定する蛍光定量アッセイで、サンプルあたりわずか数分のシンプルなワークフローを提供します。

選択するアッセイにかかわらず、ライブラリ濃度の正確な測定と高品質の Illumina シーケンシングデータを得るには、優れた実験技術を用いる必要があります。

推奨付属製品

Applied Biosystems QuantStudio リアルタイム PCR システムは、卓越した性能、信頼性、および世界トップクラスのサポートにより、お客様に真の価値を提供いたします。当社の装置は、お客様が必要とする結果を提供し、研究者同士の連携を可能にすることで、お客様の研究目標の達成をサポートします。