Oncomine Immune Response Research Assay

Oncomine Immune Response Research Assayは、免疫応答バイオマーカーの研究に関わる重要な遺伝子に関連するターゲットを包括的にカバーするようデザインされており、FFPE研究サンプル由来の、わずか10 ngのインプットRNAから低発現遺伝子を検出するのに優れた性能を発揮します。

このアッセイの特徴は以下のとおりです。

• 高度にキュレーションされたコンテンツ—腫瘍微小環境を解析し、薬剤応答の予測マーカーを特定
• 高感度—類似の競合製品よりも低発現遺伝子の検出感度が向上
• 優れた再現性—幅広いダイナミックレンジとクリアなシグナル/ノイズ比により、最適化された解析ソフトウェアを用いた結果の信頼性が向上
• 最小限のサンプルインプット—実証済みのIon AmpliSeq™テクノロジーを活用することで、使用するtotal RNA必要量をわずか10 ngに抑え貴重なFFPEサンプルを節約
• 自動化—Ion S5™システムでのシーケンシングを備えたIon Chef™ システムによるNGSワークフローを用いて所要時間を短縮

図 1.Oncomine Immune Response Research Assayは、バイオマーカープロファイリングアプリケーションを対象としています。アッセイで検出したシグネチャーは、個別の臨床試験アッセイや将来のコンパニオン診断開発への取り組みにつながる可能性があります。

Oncomine Immune Response Research Assayは、将来の各種臨床試験研究のためのコンテンツデザインが特徴です。

• 複数のがんタイプにわたる免疫応答研究に関係する395の遺伝子を同時に検出します
• インターロイキンやインターフェロンγ（IFNG）などの低発現シグナル伝達分子を高感度に検出します
• Oncomine™ Knowledgebase、最新の研究出版物、薬学および研究機関の国際的専門家がコンテンツを発展させています

表 1.Oncomine Immune Response Research Assayには36の機能予測にわたる395の遺伝子が含まれており、リンパ球の制御、サイトカインシグナル伝達、リンパ球マーカー、チェックポイント経路および腫瘍特性に関係する遺伝子から構成されています。 

Oncomine Immune Response Research Assayには、IFNGのようなサイトカインシグナル伝達遺伝子、CTLA4のような薬剤ターゲット遺伝子およびMTORやPTENのようなPD-1シグナル伝達遺伝子など、臨床がん研究の重要なターゲットが含まれます。

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免疫療法研究に対するターゲットNGSアプローチが低発現遺伝子の検出を向上

図 2.10のpancancer研究サンプルを対象とした発現量の範囲T細胞受容体シグナル伝達およびチェックポイント経路の両方に関係する低発現遺伝子など、免疫応答研究の重要な遺伝子サブセットを調べると、Oncomine Immune Response Research Assayは競合他社のNアッセイよりも高い検出感度を示しています。

現在のPD-1およびPD-L1アッセイは、免疫応答を示す重要な遺伝子を見逃す可能性があります。また、スループットやIHCに伴う再現性が課題となり、ロバストな研究の実施は簡単ではありません。Oncomine Immune Response Research Assayはこうした課題に対処します。

Ion ChefシステムおよびIon S5システムによる自動化など、包括的なソリューションの一部であるこのアッセイには、ライブラリ構築用試薬と、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルからアンプリコンライブラリを調製するためのマルチプレックスPCRで使用する単一プールのプライマーが含まれています。必要なスループットに応じて1ラン当たり4、8、32サンプルのワークフローを使用し、小規模や大規模なレトロスペクティブまたはプロスペクティブなプロファイリング研究を柔軟に実施できます。

図 3.IHCを利用した現在の免疫療法研究は再現性に欠けており、腫瘍サンプル当たり1～2アッセイ以上は行われません（左）。Oncomine Immune Response Research Assayでは、腫瘍の微小環境構成に関するインサイトを得ることができるため、サンプルの層別化を改善できる可能性があります（右）。

図 4.サンプルの層別化を改善するのに役立つと考えられる予備指標。各パネルに共通する全遺伝子のクラスター化を行うと、Oncomine Immune Response Research Assayでは競合他社のNアッセイと比べサンプルの層別化が改善され、がんタイプ間がより明確に識別されているのが分かります。

Oncomine Immune Response Research Assayは、Ion S5およびIon PGM™シーケンサでサポートされており、ラボでの小規模および大規模研究を効率的に実行できます。

最適化されたインフォマティクスおよび視覚化ソフトウェアにより、データ解析の複雑さを最小限に抑えます。解析ワークフローは、Immune Response Torrent Suite™ Plug-inで自動化されたデータ探索コンポーネントと、Applied Biosystems™ Transcriptome Analysis Console（TAC）による2群のディファレンシャル解析で構成されています。こうしたツールを一緒に使用することで、一般的な遺伝子発現解析を効率化し、他のサードパーティソフトウェアを使用したさらなる探索解析に適用できる書き出し可能なデータファイルを利用できます。

これらのツールでは、以下のことが実行できます。

• QC基準およびハウスキーピング遺伝子の発現によりデータをクオリファイ
• ユーザー定義の遺伝子セットまたはパネル上の全遺伝子を使用したサンプルの階層クラスタリング
• PCA、ヒートマップおよび遺伝子発現の分布プロットを用いた視覚化
• 豊富な相関プロットを使用したサンプルの相関解析
• 容易に使用できる表形式データのfold-change推定（TAC）
• volcano plotによるディファレンシャル遺伝子の視覚化（TAC）

図 5.Oncomine Immune Response Research Assayには、ライブラリ構築用試薬、ライブラリ調製用プライマーおよび結果を解釈するための解析ソフトウェアが含まれています。*two-dayワークフローには、オーバーナイトのテンプレート調製が必要です。