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Oncomine Tumor Mutation Load Assay
次世代シーケンスを用いたがんドライバー変異の検出およびがん免疫バイオマーカーである腫瘍の突然変異荷重（TMB）の評価
免疫チェックポイント阻害薬は様々ながん治療の枠組みを変更しましたが、すべての患者が免疫療法に反応を示すわけではありません。関連するバイオマーカーは、患者を適切な治療法に結びつけようとする探求のガイドとなるものであり、治療そのものと同程度に重要であることが示されています。
マルチバイオマーカー次世代シーケンス（NGS）をベースとした当社のアッセイは、主要ながん研究機関で採用されており、数千もの臨床研究サンプルの包括的なプロファイリング（一例を挙げると NCI-Match Trial Assay）に用いられています。免疫応答および腫瘍生物学の複雑さを考えると、がん免疫（I-O）療法への応答性との関連性を評価するために、新たなバイオマーカーが必要です。腫瘍の突然変異荷重（TMB）は複数の疾患で用いられるバイオマーカーで、免疫療法の研究を前進させる可能性を有しています。
Ion Torrent Oncomine Tumor Mutation Load Assay は、限られた量のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルから TMB を正確に定量するための安定したターゲット次世代シーケンシング（NGS）アッセイで、がんドライバー遺伝子変異のアノテーションによる腫瘍プロファイリング用にデザインされています。効果的な分析ソリューションにより、約 2.5 日間でがんドライバー変異を確実に検出し、腫瘍の突然変異荷重を研究用に評価することが可能です。
ご注文はこちら フライヤーをダウンロード 詳細情報はこちらどのようにして FFPE サンプルから腫瘍の突然変異荷重（TMB）を正確に測定するか？
詳細については、2019 年米国がん学会（AACR 2019）にて発表された当社ポスターをご参照ください。
ポスターをダウンロード
e-learning：Oncomine Tumor Mutation Load Assay を用いた腫瘍の突然変異荷重の測定
講演者：Dr. Jose Carlos Machado、PhD、Ipatimup、ポルト（ポルトガル）
ビデオ：腫瘍の突然変異荷重はどのような点で革新的ながん免疫バイオマーカーなのか
講演者：Dr Wolfram Jochum、Institute of Pathology、Kantonsspital St.Gallen（スイス）
次世代のがん免疫バイオマーカー
腫瘍の突然変異荷重は、日常的な臨床研究において次世代のがん免疫バイオマーカーとして実施される可能性があります。大腸がんに関する後ろ向きコホートにおいて Oncomine Tumor Mutation Load Assay を用いたところ、変異数の多いサンプルと少ないサンプルを分離することができ、結果は腫瘍の MSI ステータスと深く相関していました。このアッセイでは、効率化されたインフォマティクスにより、迅速で安定した結果が得られました。他の Oncomine アッセイと併せて、私たちはまさに、腫瘍サンプルに関する包括的なソリューションを手にしています。Prof. José Carlos Machado、PhD
Board of Directors member and Group Coordinator
Ipatimup、ポルト（ポルトガル）
TMB に関する迅速な洞察：サンプルから結果まで 3 日未満
当社の効率化されたソリューションによって、限られた量のサンプルから体細胞変異を確実に定量化し、 TMB を評価することが可能です。 手動もしくは自動ライブラリー調製により、Ion 540 Chip 1 枚あたり 最大で 8 サンプルを同時解析することが可能です。
Ion GeneStudio S5 シリーズシステムおよび Ion 540 または Ion 550 チップを用いたサンプルのシーケンス
お問い合わせ ハンズオンタイム合計：15 分未満
TMB 用の Ion Reporter ソフトウェア（w5.10）ワークフローによるデータ解析
Ion Reporter ソフトウェアの体験版Ion GeneStudio S5 シリーズシステムおよび Ion 540 または Ion 550 チップを用いたサンプルのシーケンス
お問い合わせ ハンズオンタイム合計：15 分未満
TMB 用の Ion Reporter ソフトウェア（w5.10）ワークフローによるデータ解析
Ion Reporter ソフトウェアの体験版Ion Reporter 解析ワークフローは、腫瘍に特化したワークフローで結果が得られるようにデザインされています。Oncomine Variant Annotator Plugin を用いることで、ドライバー変異はパッセンジャー変異から分離されるため、ターゲットとなる治療法に特異的な、関連性の高い少数の変異に焦点を合わせることができます。単純な TMB 読み出し値（変異数／Mb）に加えて、変異シグネチャーの詳細な解析がなされるため、疾患の病因の研究において意味のある洞察が得られます（図 1）。
ターゲット NGS パネルはエクソームシーケンスに代わる手法であり、がん研究用標本（FFPE 組織など）のためにデザインされた安定したアッセイという利点を有します。Oncomine Tumor Mutation Load Assay は、正常サンプルを必要とせず、体細胞変異を正確に測定することができます。パネルサイズが小さくなるにつれて、TMB の推定値に関連する不確実領域は急速に拡大します（図 2A）。さらに、標的パネルのサイズが 1 Mb 未満である場合、特に低変異量では、変動係数が急速に増大します（図 2B）。Oncomine Tumor Mutation Load Assayは、さまざまな腫瘍の突然変異荷重を有するサンプルについて正確な変異数を取得可能とするために、エクソンシーケンス（1.2 Mb）を包含する、1.7 Mb という大きなゲノムフットプリントをカバーしています。
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Figure 2A. Zone of uncertainty within 2 standard deviations associated with point estimates of mutation counts as a function of panel size.
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Figure 2B. Panel size and coefficient of variance is plotted for point estimates of 10, 20 or 100 mutations per Mb.
高い再現性
8 組のレプリケートについてアッセイを実施し、TMB を測定しました。TMB 値は高い相関性を示し（ピアソンの r＝0.99）、複数のがん種およびサンプル種別（細胞株 DNA から FFPE サンプルまで）における再現性が実証されました（図 3A）。マイクロサテライト不安定性に関して分類されている、後ろ向きに収集された一連の大腸がんサンプルを対象として、Oncomine Tumor Mutation Load Assay を実施しました。予想されたとおり、高マイクロサテライト不安定性サンプルは、マイクロサテライト安定性サンプルよりも有意に高い TMB 値を示しました。
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Figure 3A. Reproducibility of the Oncomine Tumor Mutation Load Assay. Cell lines were obtained from the NIGMS Human Genetic Cell Repository at the Coriell Institute for Medical Research.
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Figure 3B. Stratification of MSI positive and MSI negative samples with the Oncomine Tumor Mutation Load Assay. MSI status determined by orthogonal method. Data courtesy of Ipatimup.
リソース
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.