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Oncomine Focus Assay
固形腫瘍に対する次世代シーケンシングアッセイで、バイオマーカー解析を
Oncomine™ Focus Assay は、ターゲットリシーケンス用のマルチバイオマーカーアッセイであり、単一ワークフローで DNA および RNA におけるホットスポット、SNV、挿入欠失、CNV、遺伝子融合を解析します。
Oncomine Focus Assay は、臨床がん研究およびトランスレーショナルがん研究用に設計されており、Ion AmpliSeq™ テクノロジーを活用することで、少ないサンプル量の核酸から信頼性の高い結果が得られ、FFPE や微細針吸引生検サンプルに対応します。
製品内容
- 固形腫瘍に関連する 52 遺伝子中の数百におよぶ変異を同時検出
- 単一ワークフローで DNA および RNA のホットスポット、SNV、挿入欠失、CNV、融合遺伝子を解析
- 上市された医薬品や論文発表済みの主要な固形がん遺伝子を選択
- 承認済みの治療法や適応に関する情報を Oncomine™ Knowlegdebaseでキュレーションを実施可能
Oncomine Focus Assay の遺伝子リスト
| ABL1 | ERBB2 | GNAQ | MYC |
| AKT1 | ERBB4 | HRAS | MYCN |
| AKT3 | ERBB3 | IDH1 | NRAS |
| ALK | ERG | IDH2 | NTRK1 |
| AR | ESR1 | JAK1 | NTRK2 |
| AXL | ETV1 | JAK2 | NTRK3 |
| BRAF | ETV4 | JAK3 | PDGFRA |
| CCND1 | ETV5 | KIT | PIK3CA |
| CDK4 | FGFR1 | KRAS | PPARG |
| CDK6 | FGFR2 | MAP2K1 | RAF1 |
| CTNNB1 | FGFR3 | MAP2K2 | RET |
| DDR2 | FGFR4 | MET | ROS1 |
| EGFR | GNA11 | MTOR | SMO |
Oncomine Assayと Ion AmpliSeq Panel のコンテンツ比較
ターゲット次世代シーケンシング（NGS）は、ラボの規模に関わらず、がん研究を強力に推進するテクノロジーです。ブレークスルーの中核となるのは、アッセイとパネルです。それらは極少量のサンプルから高感度な解析結果が得られ、将来的に新しいコンパニオン診断検査法や治療法につながる情報が得られるようにデザインされています。
がんの臨床研究では、多くことを決断する必要があります。特に大事なのは、アッセイコンテントに関する決断です。 Oncomine™ Assayと Ion AmpliSeq™ Panel の比較を、コンテント選定にお役立てください。
Examples of Oncomine assays and Ion AmpliSeq panels and a subset of their associated genes and tumor types for research use. The Oncomine Knowledgebase shows that the specific gene had a variant detected in specific tumor type at a minimum of a 1% frequency. Additional genes are available on these and other Oncomine assays and Ion AmpliSeq panels.
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性能
- 多様ながん種に存在する変異を高い再現性と感度で検出
- FFPE や微細針吸引生検サンプルなど、 10 ng 程度の極少量サンプルにも対応可能
- 単一のワークフローで DNA および RNA を解析でき、1 回の解析で最大 6 サンプルと 2 コントロールの結果を取得可能
- Ion Torrent™ シーケンシングテクノロジーを、 Ion S5™ システムや Ion PGM™ システムで行うことで、NGS の結果を数週間ではなく、数日で取得可能
- Ion Select 用消耗品および試薬は、当社の ISO 13485 準拠施設で厳しい基準に従って製造
解析性能のまとめ
変異型全般にわたって、Oncomine Focus Assay は Ion S5 システムでシーケンシングされた臨床研究サンプルに対して高い感度、特異性、再現性を達成します。
| 感度 | PPV（特異性） | 再現性 | |
| SNV | 98.77％ | 99.63％ | 99.6％ |
| インデル | 100％ | 100％ | 100％ |
| CNV | 96.42％ | 100％ | 96.42％ |
| 融合遺伝子 | 100％ | 100％ | 100％ |
| 全体 | 98.70％ | 99.67％ | 99.01％ |
表 1.Oncomine Focus Assay を Ion S5 システムで使用した場合の各変異型の感度、特異性、再現性。
レポーティング
Oncomine インフォマティクスにより、以下のことが行えます。
- 変異に優先順位を付け、関連する少数の変異を特定
- バリアントコーリングにより、がんドライバーを特定してアノテーションを実施
- カスタマイズ可能なラボレポートを迅速に作成
- カスタマイズ可能なレポートテンプレートは 10 種類の言語が使用可能
ワークフロー
Oncomine NGS Oncology ワークフローを使用することで、関連する少数のがんドライバーを特定し、結果の解釈を含むレポートを作成できます。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.