キャピラリー電気泳動を用いた CRISPR および TALEN 遺伝子編集の確認

CRISPR および TALEN による遺伝子編集技術は、複雑な生物における欠失や挿入などのターゲットを絞った遺伝子修飾を容易にします。近年、CRISPR-Cas9 システムは、使いやすさ、コスト効率、および高効率で目的のターゲットの編集が行える点から選択される編集技術として確立されました。

ゲノム編集実験における修復プロセスは完全に効率的でも正確でもないため、初代形質転換細胞培養における CRISPR による遺伝子編集効率の測定にはキャピラリー電気泳動（CE）を用いたフラグメント解析および／またはサンガーシーケンシングが使用可能で、2 代目のクローンにおいて成功したゲノム編集イベントの測定にはサンガーシーケンシングが使用可能です。

サンガーシーケンシングは、その正確性、コスト効率およびシンプルなワークフローと長いリード長、ならびに直接的なデータ解析が可能であることから、ゲノム編集効率を確認するためのゴールドスタンダード技術です。それに対し、フラグメント解析は、電気泳動移動度の違いから一塩基対の相違を判別できることから、挿入・欠失を迅速かつ安価に検出できます。

Applied Biosystems の遺伝子解析装置および試薬は以下を提供します：

遺伝子編集中に細胞集団に導入された一塩基多型（SNP）、配列の欠失、および挿入を簡便かつ明確に同定。
Minor Variant Finder Software およびクラウドベースの Sanger Variant Analysis モジュールを使用して SNP 頻度を決定。生成されるデータは、ゲノム編集の効率を解析するツールとして広く使用されている Tracking of Indels by Decomposition（TIDE）ソフトウェアと互換性があります。

CRISPR によるゲノム編集の全体のワークフロー

当社ではゲノム編集および下流の解析に必要な多くのツールを提供しています。

ステップ 1

gRNA の設計と合成

ステップ 2

トランスフェクト細胞

ステップ 3

ゲノム編集の成功率の測定

ステップ 4

単一細胞クローンの樹立

Gibco 培地

ステップ 5

ゲノム編集に使用するクローンのスクリーニング

ステップ 6

ゲノム編集の成功の確認

お手持ちのシステムに適したアッセイ

SeqStudio Genetic Analyzer による CRISPR-Cas9 ゲノム編集の解析

使いやすいベンチトップ型の SeqStudio Genetic Analyzer の特長は、サンガーシーケンシングとフラグメント解析の同時ランを容易にすることで、これはゲノム編集ワークフロー内によく適合します。特に、生成されるデータは、ゲノム編集の効率を解析するツールとして広く使用されている Tracking of Indels by Decomposition (TIDE) ソフトウェアと互換性があります。

SeqStudio Genetic Analyzer の詳細 ›
SeqStudio アプリケーションの詳細 ›

SeqStudio アプリケーションガイド

関連資料

ゲノム編集ワークフロー用の遺伝子解析ツール

ゲノム編集効率を評価するための各手法にはそれぞれの強みがあります。それらの詳細、およびゲノム編集実験の完全なワークフローソリューションについて学べます。

アプリケーションノート：CRISPR および TALEN によるゲノム編集ワークフローを容易にするサンガーシーケンシングの使用

このアプリケーションノートでは、ゲノム編集ワークフローにおけるサンガーシーケンシングを使用した編集効率の測定、および Minor Variant Finder Software を使用したデータ解析について説明していますCRISPR による編集結果を示していますが、このアプローチは ZFN や TALEN による編集ワークフローにも適用されます。

アプリケーションノートのダウンロード

ブログ記事：CRISPR-Cas9 ゲノム編集ガイド—技術の利用および新境地の開拓について

このブログでは、TALEN から CRISPR-Cas9 システムまでのさまざまな遺伝子編集技術の歴史、ならびにオンターゲットおよびオフターゲット変異の正確な同定に関する課題および進展について論じています。ブログ著者は、モデル生物を迅速に作製する遺伝子編集ツールの可能性を探求しています。これは、ヒト疾患の研究、さまざまな薬剤の有効性試験、さらにジカウイルス流行に対しそのベクターであるネッタイシマカの繁殖を抑えるための遺伝子組換え体の作製にも使用可能であることに触れています。

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