病毒蛋白质组学和代谢组学质谱分析

病毒包膜的表面覆有蛋白质，尤其是糖蛋白，这些蛋白参与与宿主细胞相结合的过程以使病毒进入。病毒利用这些蛋白质的聚糖多样性来逃避免疫系统应答。表面聚糖具有构象灵活性，可为病毒提供构象动力，有助于屏蔽药物结合位点。为了更详细地了解糖基化的类型以及病毒表面糖蛋白上发生糖基化的位点（占位），可使用糖蛋白组学策略。糖蛋白组学可以提供糖基化位点和聚糖成分的信息。糖肽工作流程涉及样品制备和富集、质谱分析、数据分析和解释。下面是推荐产品的一个简短列表，但是我们诚邀您在我们的蛋白质糖基化工作流程页面上查看关于糖肽分析的更多产品信息和资源。

糖组学可以更充分地阐述糖蛋白组学，以提供聚糖的更多细节。糖组学可以提供关于聚糖（如分支和键合）的结构信息，有助于解析结构异构体。糖组学工作流程包括使用强大的软件进行去糖基化、分离、质谱分析和聚糖鉴定。

天然 MS 提供溶液条件的平均图，即可以同时检测不同蛋白质变体（例如差异糖基化）。天然 MS 也是检测病毒衣壳、定量分析货物封装和监测衣壳组装的有用工具。将天然 MS 与自上而下 MS 相结合可以对衣壳蛋白进行结构表征。

结构病毒学的主要重点是了解封装病毒基因组信息的蛋白质衣壳的结构和结构稳定性基础。HDX-MS 可用于测量局部构象动力并深入了解病毒的组装机制和衣壳成熟度。

病毒宿主相互作用研究的重点是发现对于不同病毒感染阶段至关重要的蛋白相互作用事件。AP-MS 工作流程可用于检测蛋白质复合物中的特定蛋白质－蛋白质相互作用，或者在相互作用组层面上更广泛地检测蛋白质复合物。将定量 MS（LFQ、TMT）与亲和纯化相结合可以使研究人员在不同条件（不同病毒感染阶段）下检测蛋白质－蛋白质相互作用，从而提供更动态的视图。AP-MS 也可用于检测翻译后修饰 (PTM) 以及它们在促进蛋白质－蛋白质相互作用中所起的作用。

使用天然 MS 可以了解病毒宿主细胞蛋白复合体，例如亚单位化学计量、亚单位鉴定、生物分子结合、蛋白复合体拓扑结构和蛋白动力学。当联合其他技术（如限制性蛋白水解）来推测蛋白相互作用时，天然 MS 的能力可以进一步提高。

病毒宿主细胞蛋白相互作用是病毒蛋白和宿主细胞受体之间发生的分子间相互作用。不幸的是，这些相互作用往往比较短暂，转瞬即逝。交联 MS (XL-MS) 可监测瞬时相互作用，以帮助区分直接和间接的蛋白质－蛋白质相互作用。XL-MS 有助于鉴别参与相互作用的宿主细胞表面蛋白。它可用于检测病毒和宿主细胞蛋白之间的蛋白质相互作用拓扑结构，映射病毒和宿主之间的相互作用位点以及确定参与结合的准确残基。XL-MS 有助于阐明参与宿主细胞相互作用的蛋白质结构或复合物。

病毒宿主细胞相互作用不是静态而是动态过程。TMT 等定量技术可用于观察该动态过程。作为 AP-MS 或 XL-MS 的一部分，TMT 工作流程可以用于检测病毒感染中发生的蛋白质－蛋白质相互作用，测量相互作用或结合亲和力水平的变化。TMT 定量工作流程针对相对定量蛋白质组学分析提供多重检测能力，以便对细胞、组织或生物液体的多个样品进行并行 MS 分析。

肽抗原与主要组织相容性复合物 (MHC) 编码的分子结合，存在于细胞表面并成为 T 淋巴细胞的靶标。适应性免疫系统的此关键作用有助于根除感染病毒的细胞并产生抗体。鉴别这些肽抗原对新型疫苗的开发至关重要。自下而上蛋白质组学工作流程是蛋白质组学的主要手段，用于尽可能多地鉴别生物样品中的蛋白质成分。

定量蛋白组学有助于鉴别由病毒感染引起的不同免疫反应图谱。这是通过表征免疫反应蛋白并鉴别参与病毒感染反应的免疫系统途径来实现的。定量蛋白质组学工作流程可用于从发现到靶向应用中对蛋白质进行系统级鉴定和定量，在一次实验中的多个条件下通过动力学和见解，检测和定量数千种蛋白质，从而更深入地了解生物过程的行为方式。

这些工作流程针对相对定量蛋白质组学分析提供多重检测能力，以便对细胞、组织或生物液体的多个样品进行并行 MS 分析。

这些工作流程通过一种技术鉴别并定量复杂蛋白质样品的相对变化，该技术可在检测低丰度蛋白质和翻译后修饰（如磷酸化或糖基化）的变化时处理标记样品和未标记样品。

这些工作流程允许通过不设限的样本比较，对任何来源的蛋白质样品进行相对定量，以及采用任何裂解方法进行多肽鉴定。

这些工作流程可以使用一种一致的高分辨率精确质量 (HRAM) 分析同时检测所有目标产物离子；它是分析和定量大量样品的理想选择。

这些工作流程采用三重四极杆质谱仪进行大量样品的更常规的靶向定量和分析。

SureQuant IS 靶向定量工作流程提供从样品制备到复杂基质中数百种靶肽的监测和定量的完整检测，其具有设置简单和高选择性、定量准确度、精确度和特异性的特点。

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磷酸化和多聚泛素化等 PTM 调控感染引起的先天炎症应答。研究还表明，甲基化、乙酰化、类泛素化和琥珀酰化等 PTM 均参与先天免疫和炎症的调控。MS 可用于表征这些 PTM。磷酸化蛋白质组学（翻译后修饰 - PTM）工作流程对蛋白质磷酸化和磷酸肽进行大规模研究，以便进一步科学地理解这一重要 PTM 对生物过程和人类健康的影响。

对代谢物进行质谱分析表征和定量可以获得免疫系统如何发挥作用的重要见解。

这些工作流程专为小分子鉴定而设计，可解决较复杂的代谢组学挑战。

这些工作流程可帮助研究人员在检测感兴趣代谢物的同时发现未知物。

定量蛋白质组学技术可用于区分和预测轻度至严重类型的疾病进展，帮助在早期开发合适的治疗方案和资源，这可能严重影响死亡率-存活率。

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