Voice ＆ Report: 疾患バイオマーカーの探索へ

PGM Voice vol.04（NEXT No.14 P5）

「本当に驚きました。データを見た瞬間、遺伝子が丸裸になっていると感じたからです」と語るのは金沢医科大学准教授の石垣氏（ 写真右）。彼は共同研究者の友杉教授（ 写真左）と共に、血液中のマイクロRNAを様々な疾患のバイオマーカーに利用する可能性を探っています。「これまでマイクロアレイで定量していましたが、結果にいま一つ確信が持てなかったんです。ところが・・」Read More

Voice ＆ Report: 細胞内リサイクリングを支えるオートファジー関連複合体をみごとキャッチ！

User's Voice vol.03（NEXT No.14 P15）

「自食作用、つまりオートファジーは、真核生物に高度に保存された大規模な分解・リサイクルシステムです。タンパク質等の細胞成分だけでなく、ミトコンドリアのような細胞内小器官も丸ごと分解するんですよ」と中戸川氏は研究テーマを説明します。・・Read More

Voice ＆ Report: PureLink™ HiPure プラスミドキットにモノ申す?

User’s Voice Vol.01

東京工業大学の原田伊知郎氏の研究テーマは「生体内細胞の周辺環境物性認識システムの解明」。研究を進める上で、繊維芽細胞への遺伝子導入など、いくつもの苦労を乗り越えてきたそうです。「・・収量が高いという謳い文句の試薬が発売されるとすぐに試してみないと気が済まなくて（笑）。でも、いろいろと実験を進める中で、一つ気付いたことがあるんですよ。それは・・」Read More

Voice ＆ Report: 気軽に蛍光観察 FLoid™ セルイメージングステーション

User’s Voice Vol.02

「ハードルがなく、起動時間もほぼゼロでストレスフリーの蛍光観察が魅力ですね。」東京大学大学院准教授の勝間氏は、FLoid™セルイメージングステーションをこう評価します。彼の研究テーマの一つは「病原体がいかにして宿主の行動を操るのか」。バキュロウイルス研究のお話とモニター一体型の蛍光顕微鏡の使いやすさについてコメントをいただきました。Read More

Voice ＆ Report: 人工塩基を用いた新規機能性DNAアプタマーの網羅的探索

PGM VOICE Vol.3

理化学研究所の核酸合成生物学研究チームは、平尾一郎チームリーダーのもと、生物進化の解明や新しい発想の診断・医薬品開発につながる「人工塩基」の研究を行っています。地球上のすべての生物の遺伝情報を担う、A,T,C,Gという4種類の「天然」塩基。「人工塩基」の研究は、どのような可能性を秘めているのでしょうか？ 新しい研究分野として注目される人工塩基研究と、その研究における半導体PGMシーケンサの活用について、核酸合成生物学研究チームの木本研究員に話を伺いました。Read More

Voice ＆ Report: AmpliSeq™ Cancer Panel Kitを用いたがん関連遺伝子の網羅的解析

PGM VOICE Vol.2

これまでは、がん組織に対し、特定のがん関連遺伝子の中の限られた変異を標的にシーケンシングを行っていました。・・・　それがIon PGM™ シーケンサを導入したことで、これまで非現実的だった標的数を比較的コストを抑えながら実施できるようになりました。Read More

Voice ＆ Report: Ion PGMによるミトコンドリア病患者のミトコンドリアゲノム配列解析

PGM VOICE Vol.1

私達はミトコンドリアゲノムに関連する疾患や老化の研究を行っています。今回ミトコンドリア病の一種の患者さんのミトコンドリアゲノム全塩基配列を解析し、ハプログループの決定と病因遺伝子の探索を行いました。Read More

Voice ＆ Report: de novo解析のためのQuality Value評価手法の開発　～SOLiDにおけるde novo解析技術の確立に向けて～

SOLiD VOICE Vol.06

SOLiD™ システムにおけるデータ管理手法の開発とde novo解析におけるアセンブリ精度向上に関する研究を行っています。de novo解析において、Quality Value (QV) でフィルタリングを行うことでアセンブリ精度が向上し、より正確な配列が得られることが予想できますが、具体的にどのようにQVでフィルタリングするとより長いcontigが得られるのかについて、十分な知見がありませんでした。そこで系統立てて解析し、多くの研究者の方のヒントになる情報を提供したいと考え、QV評価手法の開発を行いました。Read More

Voice ＆ Report: チョウの同種内・近縁種内の遺伝的多様性に関する分子系統解析のためのシーケンシング

BigDye Voice Vol.02

BigDye® Direct Kit用い、3500xL Genetic Analyzerで解析すると、実験を始めて5時間後にはキャピラリ電気泳動の波形を確認することができました。どちらも初めて使用しましたが、アガロースゲルでバンドを確認するのと同じくらい簡単な作業でした。これだけ簡単な作業であれば、オペレーターの方にお任せしなくても自分独りでできそうです。Read More

Voice ＆ Report:

BigDye Voice Vol.01

痛風は、生活習慣病の一つと言われています。その発症には、環境要因のみならず、遺伝的要因があると考えられてきました。我々は、痛風の疾患関連候補遺伝子の一塩基多型を比較検討する手法の一つとして、ダイレクトシーケンシング法を用いています。これは、抽出されたゲノムDNAに対し、PCR法で目的領域を増幅し、それをキャピラリシーケンサで直接DNAシーケンシングする手法で、多くの遺伝子解析を行う研究室で利用されています。 Read More