Technical Review : 人工ヌクレアーゼを用いたゲノム編集（後半）

Technical Review vol.2

ゲノム上の任意の位置に遺伝子改変を行う「ゲノム編集」。前回は、ゲノム編集の基本原理について人工ヌクレアーゼを例に説明しました。今回は、細胞への導入と確認法についてご紹介します。Read More

Date Posted: 06/01/13

Application note: 半導体シーケンサIon PGM™システムを用いた草本モデル植物 Brachypodium distachyon のtotalRNA 解析について

Application note vol.7

バイオマスモデル植物に関する基盤研究を総合的に推進するために、モデル草本植物Brachypodium distachyon（B. distachyon, ブラキポディウム）を扱い、完全長cDNA の網羅的解析や、トランスクリプトームやメタボローム解析、データベース基盤の整備等を進めている。これまでB. distachyon のゲノム情報の収集は、大型の次世代シーケンサを中心に進められてきたが、今後、バイオマス特性に関わる有用遺伝子の探索や、遺伝子機能の解明など、よりフォーカスした研究を加速する必要がある。そこで網羅的な遺伝子発現解析のためのシーケンシングプラットホームとして、大型次世代シーケンサとパーソナルタイプの半導体シーケンサ（IonPGM™システム）での網羅的RNA 発現解析を比較した。Read More

Date Posted: 05/24/13

Interview: 比較する、編集する、デザインする。おもしろいゲノム研究時代がやってきた！

NEXT Interview Vol.4

「まさか全ゲノム情報がこんなに簡単に手に入る時代が来るとは思っていませんでした。次世代シーケンサの登場で時代が変わり、生物学や生命科学が大きく進展したと思ったら、今度はゲノム編集。生物種を限らず、誰もが遺伝子改変を試せる、そんな時代が来てしまいました。・・・・」。京都大学の阿形清和氏は、革新的な技術をバネに跳躍するゲノム研究の世界に目を輝かせて語ります。Read More

Date Posted: 04/06/13

Interview: Anniversary Interview:No.2

Anniversary Interview No.2

2003年のヒトゲノム解読プロジェクト終了宣言の数年前、東京大学先端科学技術研究センターの油谷浩之氏はポストゲノムを見据えてゲノムワイドな遺伝子探索を開始。種々のがんのマーカー遺伝子を同定し、その後「コピー数多型」というゲノムの個人差のマップを報告しました。常に最新技術を疾患研究に応用し、新しい発見を続ける油谷氏。次世代シーケンサやマイクロアレイから得られる、膨大なゲノム情報を解析し、生命現象と疾患のメカニズム解明から、より深く「ヒト」を理解しようとしています。Read More

Date Posted: 04/05/13

Voice ＆ Report: 日本伝統のカイコ研究へ、最新技術GeneArt® Precision TALsで挑む

User's Voice vol.08

「研究材料は、主にカイコ。ガの仲間で鱗翅目昆虫に含まれます。カイコの脱皮や変態がどのようにコントロールされているかを研究しています」。こう語るのは、農業生物資源研究所昆虫科学研究領域主任研究員の大門高明氏。昨年3月、カイコの突然変異体の「2眠蚕（にみんさん）」を解析し、幼虫から蛹への変態を抑制する遺伝子を報告しました。大門氏は、明治時代から続くカイコ研究に、新しいゲノム編集の技術を応用しています。Read More

Date Posted: 04/04/13

Voice ＆ Report: ノンコーディングRNAの機能を解明し、がん化のメカニズムを探る

User's Voice vol.09

「Veriti®サーマルサイクラー®の使いやすさはもちろんですが、曲線的なデザインや見やすい大きなディスプレイも気に入っています」と話すのは、東京大学先端科学技術研究センターの野中綾氏。腫瘍細胞に特異的に発現するノンコーディングRNA（ncRNA）を研究中です。Read More

Date Posted: 04/03/13

Voice ＆ Report: 地球上の食連鎖の基盤、最も小さな植物『微細藻類』が未来を担う

User's Voice vol.10

「藻類の生育を見るのに、Tali®サイトメーターは欠かせないんですよね」と開口一番語ってくれたのは、東京大学生物生産工学研究センターの倉橋みどり氏。微細藻類と海洋深層水によるバイオマスエネルギーを開発し、実用化を目指しています。微細藻類とは、植物プランクトンとも呼ばれる、顕微鏡サイズの藻のこと。倉橋氏は、Ta l i®イメージベースサイトメーターを使って、この小さな植物の細胞数や生存率を測定中。「やっと理想の装置に出会えました」と語ります。Read More

Date Posted: 04/02/13

Technical Review : 人工ヌクレアーゼを用いたゲノム編集（前半）

Technical Review vol.1

ゲノム上の任意の位置に遺伝子改変を誘導する「ゲノム編集」。生物種を選ばず、これまで不可能だった細胞や生体における遺伝子機能研究を強力に進める技術として期待されています。さらに基礎研究のみならず、治療法開発ためのヒト疾患iPS細胞へのゲノム編集など、医療を始め幅広い領域に変革をもたらす可能性を秘めています。話題の「ゲノム編集」の基本を、人工ヌクレアーゼの系を中心に、2回に分けて解説します。Read More

Date Posted: 04/01/13

Application note: 臨床腫瘍組織をレーザーマイクロダイセクションと次世代シーケンサで攻略～腫瘍のHeterogeneity 攻略に向けて～

Application note vol.6

腫瘍の発生・進展はゲノム異常の蓄積であり、ゲノム不安定性によってその集団は均一な集団からより複雑で多様な細胞集団へ変化する。つまり、腫瘍組織はHeterogeneityな状態であり、多くの異質な細胞集団から抽出されたゲノム群の「平均値」を観察しているだけでは、正確な研究は困難である。Read More

Date Posted: 03/28/13

Application note: DNA 断片化が次世代シークエンサーのデータに与える影響について

Application note vol.5

断片化の度合いが異なるDNA サンプルを用いてDNA 断片化がIon PGM™ システムのIon AmpliSeq™データ品質に与える影響を評価した。IonAmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 を用いて解析した結果、断片化が進んでいるDNA サンプルほどデータ品質が低く、ノイズ成分が多かった。断片化が進んでいるサンプルは解析ができても低頻度のvariant を検出することが難しい可能性がある。したがって、Ion AmpliSeq™解析を行う場合はサンプルDNA の断片化を事前に評価することが重要となる。Read More

Date Posted: 03/27/13