但是 dsRNA 长度与沉默效率的相关性如何？Ambion 科学家在以下实验中解决了这一问题。

使用 MEGAscript™ RNAi 试剂盒制备靶向 hrp48 和 U2AF50 cDNA 不同区域的大小不同的 dsRNA（图 1A），并在果蝇 L2 细胞中进行了检测。对于两种靶基因，Western 印迹分析结果显示，对应于全长 cDNA 的 dsRNA 的沉默效应强于较短 dsRNA（图 1B 和 D）。使用 U2AF50 cDNA 5' 或 3' 末端特异性较短 dsRNA 时获得的活性降幅相似（与全长 dsRNA 相比）（图 1B）。

有趣的是，较长 dsRNA 诱导的高水平沉默可在使用较短 dsRNA 时通过将较短 dsRNA 浓度提高 2-3 倍达到（图 1D）。因为对于较短 dsRNA，使用 MEGAscript RNAi 试剂盒合成并纯化的 dsRNA 的产量较高且可重现（图 1C），所以使用 300 至 600 nt 的长 dsRNA 时，每次转录反应可多进行 2 至 5 次实验。因此，使用较高浓度的较短 dsRNA 进行沉默实验可能更便利且性价比更高。

图 1.dsRNA 大小、转录产量与沉默效应之间的相关性。(A) 本研究中使用的多种 dsRNA 的图示。(B) 使用 10 nM 指定 dsRNA 处理后 72 小时进行的 Western 印迹分析。(C) 采用 0.4 µg 两端含有 T7 RNA 聚合酶启动子的 PCR DNA 模板使用 MEGAscript RNAi 试剂盒合成并纯化的 dsRNA 的产量。(D) 使用不同浓度的指定 dsRNA 处理后 72 小时进行的 Western 印迹分析。