自从我们的 pSilencer 系列载体发布以来,已有许多研究人员询问我们建议使用哪些感受态细胞将编码脱氧寡核苷酸的小发夹 siRNA 克隆到这些线性化质粒中。

在此,我们描述了使用五种常见的商业感受态细胞株进行转染和测序的结果,包括背景水平和克隆插入片段的序列保真度。用含 100 ng pSilencer 2.0-U6 质粒(带有 8 ng GAPDH siRNA 发夹插入片段或“无插入片段”对照)的连接混合物 (3 µL) 转化每种细胞类型 (50 µL)。按照生产商的方案转化细胞。将全部 50 µL 转化细胞在 37°C 下于 LB/氨苄西林 100 平板上铺板 18 小时。然后对样本板和对照板上的集落进行计数,并从每个板上的两个集落中分离质粒并测序。

如您所见,DH5α 感受态细胞提供了 5 种试验株的最低背景。由于检测板上的集落数是对照板的 7.1 倍,因此需要对极少数克隆进行测序,以确定带有正确插入片段的克隆。

测序结果证实了该评估 - 在全部 10 个测序克隆中检测到一个正确的 GAPDH siRNA 插入片段。对插入片段区域中质粒的两条链进行测序,并在所有测序反应中加入 10% DMSO,以减少通过二级结构进行测序时可能出现的任何问题。

在 Ambion,我们常规使用 DH5α 细胞 (Invitrogen) 将小插入片段克隆到我们的 pSilencer 载体中,尽管在此使用的所有试验菌株在实验中也都有效。市售的许多其他感受态细胞也很可能有效。