为确定特定细胞过程中所涉及的基因，可使用不同的 siRNA 转染细胞，并分析不同的反应图谱，如细胞周期停滞。Cellomics, Inc. 作为高内涵筛选 (HCS) 领域的先驱，利用其基于细胞的自动化筛选平台，已为多种 Ambion 的 Silencer 经验证 siRNA 构建了细胞反应图谱 (1)。例如，可使用靶向 TNFα 受体 (TNFR) 的 Silencer 经验证 siRNA 确定与 TNFα 诱导的 NF-κB 通路活化相关的基因产物。活化后，NF-κB 从其在细胞质中的正常定位易位至细胞核。可使用 Cellomics ArrayScan HCS Reader 快速定量测定此类细胞核易位事件。在下文详述的实验中，将 TNFα 触发的 NF-κB 细胞核易位活化用作 TNFR 调节的功能性 HCS 分析。当 TNFR 表达水平降低时，预计 NF-κB 细胞核易位会被抑制或减少。另一方面，预计由不同于 TNFα 的配体触发的 NF-κB 细胞核易位会正常发生。因此，随之产生了一种用于测定细胞中 TNFR 蛋白水平的功能检测方法，该检测方法不依赖于 TNFR 蛋白含量的直接测定。

在经 TNFα 处理的细胞中，NF-κB 从其主要细胞质定位易位为集中于细胞核内，从中与作为转录因子的 DNA 相互作用（图 1）。在用 TNFR siRNA 转染的细胞中，经 TNFα 处理后，NF-κB 易位显著减少。


图 1.（TechNotes 印刷版中的图 4）靶向 TNFα 受体的 siRNA 导致 TNFα 诱导的 NF-κB 易位减少。用靶向 IL-1ß（对照 siRNA）和 TNFα 受体 (TNFR siRNA) 的 siRNA 转染 HeLa 细胞。转染后 48 小时，从 24 孔板中回收细胞，将其转染并转移至 96 孔板的孔中。过夜复苏后，对细胞进行处理，以进行 NF-κB 免疫荧光染色。


有几种可触发 NF-κB 细胞核易位的不同信号转导通路可供选择。这表明 RNAi 可用于区分这些通路的活化剂。如图 2 所示，尽管用 TNFR siRNA 转染的细胞群显示对 TNFα 处理的反应显著降低（星号），但同一细胞群对 IL1α 处理仍有强烈反应。这清楚表明了 siRNA 转染的特异性，并突出了对药物发明的适用性。


图 2.未经处理或用 TNFR siRNA 转染的 HeLa 细胞中由 10 ng/mL TNFα 或 IL1α 导致的 NF-κB 细胞核易位。使用 Cellomics 的 Cytoplasm to Nucleus Translocation BioApplication（适用于 ArrayScan HCS 读数仪）轻松定量测定细胞核易位。


1.Giuliano KA, Haskins JR, Taylor DL.(2003) Advances in High Content Screening for Drug Discovery.ASSAY Drug Develop Technol (In Press).